研发、生产农药残留和食品安全检测仪器仪表,为农业、林业、气象、水利、环境、农产品检测等相关领域提供综合解决方案
Part.7 实操流程:从打开图像到完成反卷积
7.1 准备阶段
清单:开始前需要确认的信息 • ☐ 显微镜型号和转盘型号(如 Yokogawa CSU-X1) • ☐ 物镜型号、倍率和 NA • ☐ 浸液类型(Air / Water / Oil)及其 RI • ☐ 封片/包埋介质及其 RI • ☐ 激光线波长(每通道) • ☐ 发射滤光片波长(每通道) • ☐ Z 步进间距 • ☐ 相机像素尺寸 • ☐ 相机端是否有额外变倍透镜
7.2 步骤一:打开图像
1. 启动 Huygens Essential 或 Huygens Professional 2. File → Open 加载图像 3. Huygens 自动从元数据中读取参数
7.3 步骤二:验证显微参数
1. 打开 Microscopic Parameter Editor 2. 逐项检查: 3. 多通道图像:每个通道独立检查参数(尤其是波长) 4. 确认后点击 Verify(验证) — 参数前圆点变为 ✓ 绿色
⚠ 常见陷阱: - 转盘针孔参数通常不在元数据中 → 必须手动输入 - Z 步进值可能在元数据中有误差 → 核对采集软件设置 - 不要为了消除红色/橙色警告而修改参数 7.4 步骤三:选择反卷积方式
方式 A:Deconvolution Express(快速模式 — 推荐入门) 1. Deconvolution → Deconvolution Express 2. 选择智能模板(Smart Profile): 3. Huygens 自动估计 SNR 和背景 4. 点击 Deconvolve → 完成后可用滑块调节平滑度 vs 锐度 ✅ 详见: svi.nl/Deconvolution-Express 方式 B:Deconvolution Wizard(向导模式 — 精细控制) 1. Deconvolution → Deconvolution Wizard 2. Step 1 — Parameter Check:再次确认显微参数 3. Step 2 — Cropping:可选裁剪不需要的区域 4. Step 3 — Deconvolution Parameters: • Algorithm: CMLE(推荐)/ GMLE / QMLE • PSF Mode: Theoretical 或 Measured • SNR: 使用自动估算值 • Acuity: 默认值开始 • Max iterations: CMLE 40–100 / GMLE 10–25 / QMLE 10–20 • Background: Auto,可用百分比微调 5. Step 4 — Preview & Run:Preview 查看效果 → Deconvolve All 6. Step 5 — Save 7.5 步骤四:评估结果
1. 视觉检查:使用 Twin Slicer 并排比较原图和反卷积结果 2. 检查伪影:边缘振铃?过度锐化?背景异常? 3. 如果不理想: • 调节 Acuity 滑块 • 核对显微参数(特别是针孔参数) • 尝试不同 SNR 值
7.6 步骤五:保存结果与模板
保存反卷积结果 • 推荐格式:ICS/IDS(保留全部元数据)、OME-TIFF、HDF5 • 避免 8-bit TIFF(丢失动态范围) 保存参数模板 验证完成后保存为 .hgst 模板文件,便于后续同类数据批处理: • Windows: C:Program FilesSVITemplates • macOS: /Applications/SVI/Templates/ • Linux: /usr/local/svi/Templates/ • 用户个人目录: ~/SVI/ 模板可在 Workflow Processor / Batch Processor 中用于批量处理。 下期继续!!!!! 上海伯业产品 01 ™Huygens 去卷积 END 关于我们 上海伯业是一家专注于高端科研仪器领域的高科技公司,主营业务聚焦于光学成像领域,公司致力于各类高端及定制化光学成像解决方案的推广和服务,涵盖超分辨成像、共聚焦成像、双光子成像、无标记成像、全玻片扫描成像、散射光谱成像、物理光谱仪器、科学相机等成像硬件,以及反卷积、多维图像处理、病理图像解析等多类科学图像分析软件。公司成立至今,已为众多顶级科研机构和企业提供高质量的技术支持与创新解决方案,广受用户认可。 公司积极参与国产尖端技术的转化与开发项目,凭借专业的团队和丰富的行业经验,我们与多家细分行业的头部公司达成良好的合作关系,共同推动国产仪器研发、生产、应用落地的健康生态发展。 上海伯业生物科技有限公司 邮箱:info@biolighthk.com 网址:www.biolighthk.com 电话:021-60293528

2019-12-17
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